Em 1999, o presidente do clube teve o seu sonho realizado, tornar o Misto Esporte Clube em um time profissional. Então em 2000 a Federação de Futebol de Mato Grosso do Sul colocou o time na Série B, que alcançou o 7ª lugar e foi para o Campeonato Sul-Mato-Grossense de Futebol. Em 2005, por não ter participado, foi rebaixado para a série B. Em 2008 voltou a Série A e foi vice-campeão sul-mato-grossense, conquistando o direito de participar pela primeira vez da Copa do Brasil de Futebol.
Na primeira fase, enfrentou o Campinense da Paraíba, derrotando-o apenas na disputa por pênaltis. Na segunda fase, enfrentou o poderoso Corinthians de São Paulo no dia 15 de abril de 2009, onde perdeu por 2 a 0, mas a passagem para a segunda fase trouxe bastante orgulho tanto para o povo três-lagoense, tanto para os sul-mato-grossenses.
No mesmo ano em agosto o clube fez um amistoso contra a seleção brasileira sub-20, jogo que foi marcado por muita emoção no Estádio Benedito Soares da Motta, o Madrugadão para um público de aproximadamente 2500 pessoas, a partida terminou com o placar de 3 X 0 para a Seleção Brasileira Sub 20.
Em 13 de agosto de 2011, o Misto conquistou o primeiro título de sua história, a equipe de Três Lagoas empatou em 0 a 0 com a equipe Associação Esportiva Colorado (Caarapó) no Madrugadão e sagrou-se campeão estadual da série B 2011. A equipe que já estava assegurada na primeira divisão, havia empatado o primeiro jogo em Caarapó, e tinha a vantagem de jogar por dois empates por ter feito a melhor campanha no quadrangular semifinal.
Infelizmente a equipe de Três Lagoas, conhecida carinhosamente como Carcará da Fronteira pela torcida três-lagoense, não tem muito o que comemorar neste aniversário, pois em sua recente história, o clube após problemas entre diretoria e patrocinadores foi rebaixado em 2016, em 2017 o time de Três Lagoas, foi excluído da Série B do Campeonato Sul-Mato-Grossense por escalar jogadores irregulares na estreia.
Apesar de tudo sua torcida parabeniza o aniversariante e aguarda para que neste ano finalmente o clube se livre desta má fase e volte a alcançar os bons resultados de outras épocas.
